Le fonds concerne les domaines de recherches suivants: vie professionnelle et personnelle de Louis Agassiz, société des sciences naturelles, musée d'histoire naturelle de Neuchâtel, botanique, géologie, glaciologie, zoologie, paléontologie, mammifères, oiseaux, reptiles, poissons, mollusques, insectes, crustacés, vers, échinodermes, acalèphes, polybes.
Il contient divers types de documents: lettres, manuscrits, livres, brochures, prospectus, journaux, photos, dessins, planches.